Lo strano oggetto viene portato in una base segreta del NORAD sotto Cheyenne Mountain, in Colorado, dove un gruppo di scienziati sotto la direzione del Professor Langford, scopritore dello Stargate, inizia a studiarlo. Riescono ad attivare lo Stargate solo nel 1945, manualmente, tuttavia, in seguito ad un incidente di percorso, il progetto Stargate viene terminato, tutto il materiale disponibile viene classificato e lo Stargate resta lì, al 28esimo piano sotterraneo del complesso Cheyenne.

Solamente nel 1994 il progetto viene ripescato dal pentagono nella speranza di attivare lo Stargate sperando si tratti d'un Arma aliena. Quando però nello stesso anno il Dottor Jackson, un archeologo civile che ha perso ogni credibilità con i suoi colleghi dopo aver enunciato la sua tesi che le piramidi servissero come base d'atterraggio per astronavi aliene, viene reclutato dalla United States Air Force (l'aereonautica militare americana) riesce a decifrare gli strani simboli presenti sull'anello interno dello Stargate ed a scoprire il vero funzionamento dello stesso.

L'archeologo comprende infatti che i simboli sullo Stargate sono in realtà rappresentazioni delle costellazioni e che una volta inserita nello Stargate, attraverso un complesso sistema computerizzato sviluppato in gran parte dal Capitano Carter, una combinazione di sette simboli consentono l'apertura di un tunnel spaziale che collega due mondi nella nostra galassia.

Viene pertanto inviata una squadra, denominata Stargate One (SG-1) comandata dal Colonnello Jack O'Neill, ufficialmente per controllare cosa vi sia dall'altra parte e come clausola segreta della missione, eventualmente distruggere lo Stargate dell'altro pianeta onde evitare invasioni aliene.

Arrivati sul pianeta, dopo poche ore tranquille trascorse con una popolazione simil-egizia, un alieno che si spaccia per Ra fa la sua comparsa atterrando, proprio come proclamava la tesi di Jackson, su una piramide presente sul pianeta.

A squadra scopre quindi che l'antico dio del sole egizio fa visita al pianeta "Abydos" regolarmente per prendersi i propri tributi d'un materiale prezioso il "Naquadah".

L'SG-1 riesce a convincere la popolazione locale che non sono tenuti a rimanere schiavi per un essere che non è un dio ma solamente un alieno, un Goa'uld, con la conoscenza di tecnologia molto superiore a quella abydoniana. Quindi organizzano una rivolta nella quale Ra rimane ucciso e la sua nave in orbita distrutta.

Eliminata quindi la minaccia, Jackson richiede di essere lasciato su Abydos per vivere con sua moglie, una ragazza locale che ha sposato durante la loro permanenza sul pianeta. Il resto della squadra torna sulla terra dove il Col. O'Neill decide di dire ai propri superiori che lo Stargate su Abydos è stato distrutto in quanto sa che il pentagono non accetterebbe di tenere un portale con un altro pianeta anche solo con la remota possibilità d'un invasione aliena. Per evitare quindi che venga inviata una bomba atomica su Abydos, il segreto viene mantenuto da tutti i membri della Squadra e il programma Stargate viene chiuso ancora una volta.

Il Comando Stargate verrà riaperto nel 1997 con l'attivazione dello Stargate per mano d'un alieno Apophis. All'apertura dello Stargate, che coglie completamente di sorpresa il personale incaricato della sua sorveglianza, una giovane Aviere viene rapita dal falso dio Apophis attraverso lo Stargate.

Richiamato dal congedo, O'Neill è costretto a riferire la verità su quanto accaduto anni prima su Abydos temendo che Apophis sia giunto sulla terra proprio da lì. Riaprono quindi lo Stargate e visitano ancora una volta Abydos, unico pianeta che credono sia collegato con lo Stargate. Giunti sul luogo il Dott. Jackson assicura loro che Apophis non sia giunto sulla terra da Abydos ed offre una spiegazione alternativa: Lo Stargate è un mezzo di trasporto che collega migliaia se non milioni di mondi. Come prove fornisce una lista di indirizzi che è riuscito ad evincere da un cartiglio rinvenuto su Abydos in una stanza segreta della piramide.

La squadra scopre che oltre ad un aviere USAF è stata rapita anche un'altra ragazza per mano di Apophis , la moglie del Dott. Jackson, e decidono di montare una missione di salvataggio. Il Dott. Jackson si unisce quindi ancora una volta al SG-1 per andare alla ricerca di sua moglie e per eliminare la minaccia alla terra posta da Apophis e dagli altri Goa'uld.

Viene pertanto instaurato una base segreta denominata "Stargate Command" dalla quale l'SG-1 assieme a Teal'C, un alieno ricredutosi sulla natura dei suoi dei falsi ed usurpatori , ed altre 20 squadre Stargate perlustrano ed esplorano giornalmente i diversi pianeti alieni alla ricerca di tecnologie e alleati contro la battaglia ai falsi dei e in difesa della Terra.